Mannen själv har begärt 19 miljoner kronor i ersättning.
Det är Justitiekansler Anna Skarhed som beslutat om förskottsutbetalningen i väntan på slutgiltigt beslut.
I en intervju med Sveriges Radio säger hon att det är stor sannolikhet att mannen kommer få ännu mer i ersättning.
– Det är väl troligt, annars hade vi inte betalat ett så stort förskott. Det här är i varje fall det belopp som ska utgå och det är sannolikt att det kommer utgå ytterligare ersättning.
Mannen dömdes 2003 till 14 års fängelse för att han vid upprepade tillfällen under åren 1983 till 1990 skulle ha våldtagit sin då minderåriga dotter. Den huvudsakliga bevisningen mot mannen, som förnekade gärningarna, bestod av dotterns berättelse. Det fanns inga direkta vittnesiakttagelser eller teknisk bevisning.
När han förra året friades från misstankarna om våldtäkt blev han den person i Sverige som i modern tid suttit i fängelse längst på grund av en felaktig dom.
Foto: Peter Macdiarmid/TT