Kommissionen fann i december 2007 att de avgifter MasterCard tog ut stred mot konkurrensrätten, och gav bolaget sex månader på sig att vidta åtgärder.
MasterCard har nu gått med på att sänka avgiften till 0,3 procent per transaktion för kreditkort och 0,2 procent för kontokort. År 2007 uppgick avgiften som högst till 1,9 procent för kreditkort och 0,75 procent för kontokort.
Kommissionären Neelie Kroes säger i en kommentar att konsumenter tvingas betala dubbelt för betalkort, först genom kortavgifter till banken och sedan genom höjda priser på varor och tjänster.
Sänkningarna innebär lägre kostnader för företag som tar emot kortbetalningar, och i förlängningen lägre konsumentpriser. Kommissionen beräknar att sänkningarna kommer att medföra besparingar om 200 miljoner euro per år för europeiska konsumenter.
En företrädare för MasterCard säger att avgifterna är för låga i förhållande till de fördelar kortsystemet ger handlare som använder det, och att kommissionens beslut kommer att överklagas till förstainstansrätten.
Kommissionen kommer också att utreda Visas avgifter. Visa uppger dock att man nyligen sänkt avgifterna för att anpassa sig till kommissionens beslut.
Fredrik Olsson