Avgifterna var Bayerska CSU stora valfråga när de vann delstatsvalet för drygt ett år sedan.
Partiet la fram ett lagförslag som gick ut på att alla bilister ska betala vägavgift men att fordonskatten för tyska bilister samtidig reduceras med samma belopp.
Tyska tidningen Der Spiegel rapporterar nu att EU-kommissionen inte godkänner förslaget utan anser att utländska bilister därmed diskrimineras.
Foto: Martin Meissner/TT