Också externa forskningsmedel kom män till del i större utsträckning än kvinnor, uppger Statskontoret.
En förklaring till den ojämna fördelningen uppges vara sammansättningen av den forskande personalen.
Professorer får vanligtvis mer forskningsmedel än andra och en majoritet av professorerna är män.
– Universitet och högskolor borde ha ett stort intresse att själva analysera anslagsfördelningen ur ett jämställdhetsperspektiv. Då får de underlag för att se om kvinnor och män har samma möjlighet att forska och om den egna styrningen av anslagsmedlen fungerar som de tänkt, säger Statskontorets generaldirektör Ingvar Mattson.
De undersökta lärosätena anser sig dock ha små möjligheter att ta hänsyn till jämställdhet när de fördelar forskningsanslaget.
Externa forskningsmedel styr till stor del fördelningen av forskningsanslag, till exempel då anslagsmedel används för medfinansiering.
Statskontorets studie är den första i sitt slag. Studien omfattar ett urval av lärosäten med fördjupande fallstudier av Lunds universitet, Linnéuniversitetet och Högskolan i Skövde.
Foto: Johan Nilsson / TT