Enligt Svenska Dagbladets nätupplaga har Ekobrottsmyndigheten tidigare hittat en karta över konstnären Lars Vilks bostadsområde hemma hos en av männen.
Enligt Säpo finns dock inga kopplingar till Vilks eller den kontroversiella Muhammedteckningen.
Männen, som är svenska medborgare, är misstänkta för planering och finansiering av terrorbrott. De greps på olika adresser Stockholm i en aktion som organiserades tillsammans med den norska säkerhetspolisen.